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干貨 | 為什么qPCR高手都愛(ài)用0.1ml管?

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    小編之前寫過(guò)一篇關(guān)于白色PCR管和透明PCR管相比較的文章,之后就有很多小伙伴@小編,詢問(wèn)除了顏色不同外,為什么實(shí)驗(yàn)室里的大師兄都開(kāi)始用0.1ml的PCR管了?普通0.2ml管和0.1ml管對(duì)qPCR實(shí)驗(yàn)結(jié)果會(huì)有什么不同的影響嗎?

    首先,我們先來(lái)看一下市場(chǎng)上這些主流qPCR儀,比如國(guó)外的ABI(賽默飛)的7500 Fast,Roche的LightCycler96和LightCycler480,Bio-Rad的CFX96 Touch,安捷倫的AriaMx等以及國(guó)內(nèi)的朗基Q1000/Q1000+和Q2000系列,它們都已經(jīng)以0.1ml管為標(biāo)配耗材,像賽默飛更是向定量PCR用戶推薦優(yōu)先選擇低容(0.1ml)耗材。趨勢(shì)已來(lái),勢(shì)不可擋。

    那么在定量PCR實(shí)驗(yàn)中,為什么0.1mlPCR管比普通0.2ml管有著天然的優(yōu)勢(shì)呢?且聽(tīng)小編慢慢道來(lái)。

    首先我們看外形,普通管要比0.1ml管高很多(見(jiàn)圖1)。

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    而恰恰因?yàn)閮烧吒叨壬系牟町悾炀土?.1ml管即將擁有開(kāi)掛的一生。

Ø 縮小死體積,避免掛壁冷凝水

    當(dāng)加入同樣體積的反應(yīng)液時(shí),相比0.2ml管,0.1ml管的反應(yīng)液上方空間(也稱死體積)則相對(duì)小得多,浪費(fèi)的空間就更少(見(jiàn)圖2)。實(shí)驗(yàn)中隨著樣品臺(tái)逐漸升溫,管內(nèi)加熱后產(chǎn)生的水蒸氣會(huì)進(jìn)入上方空間,普通管容納了更多的水蒸氣,導(dǎo)致反應(yīng)液被濃縮,反應(yīng)液成分的變化進(jìn)而影響到導(dǎo)熱性和液體溫度,從而影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果的穩(wěn)定性和精確性。相反,對(duì)于0.1ml管來(lái)說(shuō),就會(huì)大大減少死體積,使得反應(yīng)成分更穩(wěn)定,重復(fù)性更好。

    另外,由于普通管中的水蒸氣要經(jīng)過(guò)更長(zhǎng)距離的裸露部分才能到達(dá)頂部的熱蓋處(見(jiàn)圖3),不可避免地導(dǎo)致一些冷凝水掛壁現(xiàn)象的形成,這對(duì)熒光定量PCR實(shí)驗(yàn)是致命的。因?yàn)閽毂诘睦淠拖褚粋€(gè)個(gè)微型透鏡,造成熒光的折射和散射,劣化并衰減檢測(cè)器信號(hào)的一致性,降低靈敏度。

    而0.1ml管由于被樣品臺(tái)充分包裹,裸露在樣品臺(tái)外面的部分極少,與熱蓋的距離也更近,大大降低了掛壁冷凝水的產(chǎn)生,以及冷凝水污染的可能性,當(dāng)然實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)就更準(zhǔn)確啦。


圖圖圖

圖2 


圖3

圖3    

Ø 短光程,提高熒光捕獲率

    由于試劑成本越來(lái)越高,實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的反應(yīng)體積越來(lái)越小,蕞常見(jiàn)就是20-25ul,甚至在定量PCR實(shí)驗(yàn)中,5-10ul的用戶也是屢見(jiàn)不鮮,對(duì)0.1ml管來(lái)說(shuō)綽綽有余,即使加50ul 也不在話下(見(jiàn)圖4)

    對(duì)于頂部檢測(cè)的熒光定量PCR儀來(lái)說(shuō),在同等體積下,從激發(fā)光進(jìn)入反應(yīng)液到產(chǎn)生的熒光被探測(cè)器接收,PCR管的高度越低,光經(jīng)過(guò)的路程(即光程)就越短,(0.1ml管比普通管的光程縮短達(dá)10.6mm),檢測(cè)器的熒光捕獲率就更高,實(shí)驗(yàn)的結(jié)果就越美麗。


圖4

圖4


    總之,當(dāng)聯(lián)合使用0.1ml管和白管時(shí),更可以發(fā)揮1+1>2的效果,即使在2.5-5ul的極限體積下,也可以得到較好的擴(kuò)增曲線,有圖為證(見(jiàn)圖5)。


圖5

2.5ul 10倍稀釋樣品擴(kuò)增曲線


圖6

圖5   5ul 四通道多重試劑擴(kuò)增曲線


    現(xiàn)在小伙伴們明白了為什么qPCR高手都愛(ài)用0.1ml PCR管了吧。也許你還習(xí)慣使用普通管,小編寫此文就是希望能讓你改變思路,擁抱未來(lái)呢。

    正所謂濃縮的皆是“精華”——0.1ml管(白管更佳)將是熒光定量PCR實(shí)驗(yàn)成功的致勝法寶!


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